I Frederikshavn Kommuner er der mange havne. Nogle er store og rummer store dele af kommunens erhverv og andre er mindre og hyggelige for gæstesejlere i lystbåde. Frederikshavn Havn Frederikshavn Marina Hirsholmene Neppens Havn Nordre Skanse Havn Rønnerhavnen Skagen Havn Skagen Lystbådehavn Strandby Havn Sæby Havn Voerså Havn Ålbæk Havn